本書說明自1995年12月至2003年6月期間，在南部科學園區25處考古遺址的挖掘經過和紀錄。南科是臺灣考古遺址分布，密度最高 、文化層次最完整、挖掘面積最大的地區，發掘的文物多樣而且豐富。為保存出土的文物，「南科考古館」正在興建中，我很期待。
這段期間所起出最早的考古遺留，是距今約4800年前，屬於新石器時代早期末的大坌坑文化，一直到近期的西拉雅文化和明清時期漢人文化。當年這片土地距離海邊很近，因此發現貝塚、魚類耳石等生態遺物，和魚卡子、網墜等捕魚器物。 後來，因為曾文溪氾濫、泥沙堆積，海岸線逐漸遠去。也因為洪泛區泥沙堆積的保護，這些史前文物才得以保存下來。
有許多墓葬區，並且有多樣的墓葬方式。頭向南、仰身直肢、無葬具，是最普遍的方式，也有頭向北、俯身直肢、側身曲肢。大部份的墓葬都沒有葬具，如果有，最普遍的葬具是甕棺，大多是葬小孩子。就是拿一個陶罐，把底部敲破，把屍體放進去，口部和底部再用陶片或陶罐蓋蓋起來，如果孩子大一點，就用兩個陶罐，底部敲破，底對底併起來裝。墓葬區發現嬰幼兒的比例很高，在古代應該是正常現象。
木棺很少見，而且不是用整片木板，是用一片一片的木板組合起來，挖掘時木板都已經碳化，看不到木板，只見泥土裡黑褐色痕跡。
部份遺骸的口鼻部或臉部有陶片覆蓋，也有陶片墊在臉下，可能是習俗。陪葬物大多是陶甕、陶罐，還有網墜、紡輪、貝環、陶環、管珠等陪葬品。從遺骸發現有拔牙的習俗，拔掉上面左右兩邊的第二門牙和第一犬齒，現在的原住民也有相同的拔牙習俗，我不知道這兩者之間有沒有關聯，因為我讀過的書和文章都說，台灣新舊石器時代的考古文物，和現在台灣原住民都沒有關係。
發現從頸椎斷裂的無首遺骸，和骨頭裡卡了四支箭鏃的遺骸，這四支箭鏃都是從身後進入體內，可見當時就有激烈的戰鬥發生。發現完整的犬隻遺骸，有的在墓葬區，也有在貝塚灰坑，被當作是垃圾。垃圾堆裡發現魚骨、豬骨、鹿骨，沒有牛和羊，可見當時的動物生態。
距今約300-500年的西拉雅文化層，發現的陶器和青花瓷殘件，和同期大陸漢人的器物相仿，花蓮崇德遺址也發現相同器物，可見當時的交易網絡已經非常遼闊。
南科園區出土的考古遺留，區分為六個文化、十一個分期，紀錄如下。
一 大坌坑文化
1 菓葉期 4800-4200年前
二 牛稠子文化
2 鎖港期 4200-3800年前
3 牛稠子期 3800-3300年前
三 大湖文化
4 大湖期 3300-2800年前
5 烏山頭期 2800-2000年前
6 魚寮期 2000-1800年前
四 蔦松文化
7 鞍子期 1800-1400年前
8 蔦松期 1400-1000年前
9 看西期 1000-500年前
五 西拉雅文化 500-300年前
六 明清漢人文化
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